Muito embora a história da Saúde Pública Brasileira tenha início em 1808, o Ministério da Saúde só veio a ser instituído no dia 25 de julho de 1953, com a Lei nº 1.920, que desdobrou o então Ministério da Educação e Saúde em dois ministérios: Saúde e Educação e Cultura. A partir da sua criação, o Ministério passou a encarregar-se, especificamente, das atividades até então de responsabilidade do Departamento Nacional de Saúde (DNS), mantendo a mesma estrutura que, na época, não era suficiente para dar ao órgão governamental o perfil de Secretaria de Estado, apropriado para atender aos importantes problemas da saúde pública existentes. Na verdade, o Ministério limitava-se a ação legal e a mera divisão das atividades de saúde e educação, antes incorporadas num só ministério. Mesmo sendo a principal unidade administrativa de ação sanitária direta do Governo, essa função continuava, ainda, distribuída por vários ministérios e autarquias, com pulverização de recursos financeiros e dispersão do pessoal técnico, ficando alguns vinculados a órgãos de administração direta, outros às autarquias e fundações. 

Três anos após a criação do Ministério, em 1956, surge o Departamento Nacional de Endemias Rurais, que tinha como finalidade organizar e executar os serviços de investigação e de combate à malária, leishmaniose, doença de Chagas, peste, brucelose, febre amarela e outras endemias existentes no país, de acordo com as conveniências técnicas e administrativas. 

O Instituto Oswaldo Cruz preservava sua condição de órgão de investigação, pesquisa e produção de vacinas. A Escola Nacional de Saúde Pública incumbia-se da formação e aperfeiçoamento de pessoal e o antigo Serviço Especial de Saúde Pública atuava no campo da demonstração de técnicas sanitárias e serviços de emergência a necessitarem de pronta mobilização, sem prejuízo de sua ação executiva direta, no campo do saneamento e da assistência médico-sanitária aos estados.

No início dos anos 60, a desigualdade social, marcada pela baixa renda per capita e a alta concentração de riquezas, ganha dimensão no discurso dos sanitaristas em torno das relações entre saúde e desenvolvimento. O planejamento de metas de crescimento e de melhorias, conduziram o que alguns pesquisadores intitularam como a grande panacéia dos anos 60 - o planejamento global e o planejamento em saúde. As propostas para adequar os serviços de saúde pública à realidade diagnosticada pelos sanitaristas desenvolvimentistas tiveram marcos importantes, como a formulação da Política Nacional de Saúde na gestão do então ministro, Estácio Souto-Maior, em 1961, com o objetivo de redefinir a identidade do Ministério da Saúde e colocá-lo em sintonia com os avanços verificados na esfera econômico-social.

 Outro marco da história da saúde no âmbito ministerial ocorreu em 1963, com a realização da III Conferência Nacional da Saúde (CNS), convocada pelo ministro Wilson Fadul, árduo defensor da tese de municipalização. A Conferência propunha a reordenação dos serviços de assistência médico-sanitária e alinhamentos gerais para determinar uma nova divisão das atribuições e responsabilidades entre os níveis político-administrativos da Federação visando, sobretudo, a municipalização.

 Em 1964, os militares assumem o governo e Raymundo de Brito firma-se como ministro da saúde e reitera o propósito de incorporar ao MS a assistência médica da Previdência Social, dentro da proposta de fixar um Plano Nacional de Saúde segundo as diretrizes da III Conferência Nacional de Saúde.  

Com a implantação da Reforma Administrativa Federal, em 25 de fevereiro de 1967, ficou estabelecido que o Ministério da Saúde seria o responsável pela formulação e coordenação da Política Nacional de Saúde, que até então não havia saído do papel. Ficaram as seguintes áreas de competência: política nacional de saúde; atividades médicas e paramédicas; ação preventiva em geral, vigilância sanitária de fronteiras e de portos marítimos, fluviais e aéreos; controle de drogas, medicamentos e alimentos e pesquisa médico-sanitária.  

O Ministério da Saúde passou por diversas reformas na estrutura. Destaca-se a reforma de 1974, na qual as Secretarias de Saúde e de Assistência Médica foram englobadas, passando a constituir a Secretaria Nacional de Saúde, para reforçar o conceito de que não existia dicotomia entre Saúde Pública e Assistência Médica. No mesmo ano, a Superintendência de Campanhas de Saúde Pública - SUCAM - passa à subordinação direta do Ministro do Estado, para possibilitar-lhe maior flexibilidade técnica e administrativa, elevando-se a órgão de primeira linha. Foram criadas as Coordenadorias de Saúde, compreendendo cinco regiões: Amazônia, Nordeste, Sudeste, Sul e Centro-Oeste, ficando as Delegacias Federais de Saúde compreendidas nessas áreas subordinadas às mesmas. As Delegacias Federais de Saúde deixavam, assim, de integrar órgãos de primeira linha. É criada também, a Coordenadoria de Comunicação Social como órgão de assistência direta e imediata do Ministro de Estado e instituído o Conselho de Prevenção Antitóxico, como órgão colegiado, diretamente subordinado ao Ministro de Estado.

 Do final da década de 80 em diante, destaca-se a Constituição Federal de 1988, que determinou ser dever do Estado garantir saúde a toda a população e, para tanto, criou o Sistema Único de Saúde. Em 1990, o Congresso Nacional aprovou a Lei Orgânica da Saúde que detalha o funcionamento do Sistema.

 FONTE: http://portalsaude.saude.gov.br/index.php/o-ministerio/historico